Fizykochemia miękkiej materii

Zespół badawczy nr 10

Fizykochemia miękkiej materii

Kierownik zespołu

prof. dr hab. Robert Hołyst

Tematyka badawcza

Analizujemy reakcje biochemiczne na poziomie pojedynczych molekuł stosując metody spektroskopowe ze zliczaniem pojedynczych fotonów. Badamy reakcje biochemiczne w probówce i w żywych komórkach. Oprócz tego rozwijamy nowe metody nierównowagowej fizyki statystycznej. Tworzymy również podłoża do SERSa.

Członkowie

  • Prof. Robert Hołyst - Team Leader
  • Prof. Anna Maciołek
  • Prof. Andrzej Poniewierski
  • Dr. Karina Kwapiszewska
  • Dr. Tomasz Kalwarczyk
  • Dr. Grzegorz Bubak
  • Dr. Tomasz Andryszewski
  • Dr. Michalina Iwan
  • Dr. Karol Makuch
  • Dr. Paweł Żuk
  • Dr. Jeffrey Everts
  • Dr. Marta Pilz
  • MSc. Monika Księżopolska-Gocalska Monika
  • MSc. Paweł Albrycht 
  • Aneta Karpińska, PhD Student
  • Alicja Zgorzelska, PhD Student
  • Karolina Kucharska, PhD Student
  • Sakshi Sareen, PhD Student
  • Adam Kowalski, PhD Student
  • Joanna Buczkowska, Student
  • Katarzyna Ulewicz, Student
  • Jarosław Michalski, Student
  • Antoni Lis, Student
  • Zuzanna Pieczara, Student
  • Tomasz Piros, Student
  • Krystyna Pszczółkowska, Administration
  • Kuźma Patrycja, Research Group Coordinator & Lab Manager

Publikacje

2021

Richter, Ł., Księżarczyk, K., Paszkowska, K., Janczuk-Richter, M., Niedziółka-Jönsson, J., Gapiński, J., Łoś, M., Hołyst, R., & Paczesny, J.
Adsorption of bacteriophages on polypropylene labware affects the reproducibility of phage research.
Scientific Reports, https://doi.org/10.1038/s41598-021-86571-x

Everts, J. C., & Ravnik, M.
Ionically Charged Topological Defects in Nematic Fluids.
Physical Review X, https://doi.org/10.1103/PhysRevX.11.011054

Agasty, A., Wisniewska, A., Kalwarczyk, T., Koynov, K., & Holyst, R.
Macroscopic Viscosity of Polymer Solutions from the Nanoscale Analysis.
ACS Appl. Polym. Mater., https://doi.org/10.1021/acsapm.1c00348

Kucharska, K., Pilz, M., Bielec, K., Kalwarczyk, T., Kuźma, P., & Hołyst, R.
Two Intercalation Mechanisms of Oxazole Yellow Dimer (YOYO-1) into DNA.
Molecules, https://doi.org/10.3390/molecules26123748

Kleczewska, N., Sikorski, P. J., Warminska, Z., Markiewicz, L., Kasprzyk, R., Baran, N., Kwapiszewska, K., Karpinska, A., Michalski, J., Holyst, R., Kowalska, J., & Jemielity, J.
Cellular delivery of dinucleotides by conjugation with small molecules: targeting translation initiation for anticancer applications.
Chemical Science, https://doi.org/10.1039/D1SC02143E

Al-Otaibi, J. S., Albrycht, P., Mary, Y. S., Mary, Y. S., & Księżopolska-Gocalska, M.

Concentration-dependent SERS profile of olanzapine on silver and silver-gold metallic substrates.

Chemical Papers, https://doi.org/10.1007/S11696-021-01783-9 

Kalwarczyk, T., Bielec, K., Burdzy, K., & Holyst, R.

Influence of molecular rebindings on the reaction rate of complex formation.

Physical Chemistry Chemical Physics, https://doi.org/10.1039/D1CP02820K

Al-Otaibi, J. S., Albrycht, P., Mary, Y. S., Mary, Y. S., & Księżopolska-Gocalska, M.

Concentration-dependent SERS profile of olanzapine on silver and silver-gold metallic substrates.

Chemical Papers, https://doi.org/10.1007/S11696-021-01783-9

Albrycht, P., Al-Otaibi, J. S., Mary, Y. S., Mary, Y. S., Trivedi, R., & Chakraborty, B.

Surface enhanced Raman scattering investigation of pioglitazone on silver and silver-gold metal substrates – Experimental analysis and theoretical modeling.

Journal of Molecular Structure, https://doi.org/10.1016/J.MOLSTRUC.2021.130992

Richter, Ł., Paszkowska, K., Cendrowska, U., Olgiati, F., Silva, P., Gasbarri, M., Guven, P., Paczesny, J., & Stellacci, F.
Broad-spectrum nanoparticles against bacteriophage infections.
Nanoscale, https://doi.org/10.1039/D1NR04936D

Aneta Karpińska, Marta Pilz, Joanna Buczkowska, J. Żuk, P., Karolina Kucharska, Gaweł Magiera, Karina Kwapiszewska, & Robert Hołyst
Quantitative analysis of biochemical processes in living cells at a single-molecule level: a case of olaparib–PARP1 (DNA repair protein) interactions.
Analyst, https://doi.org/10.1039/D1AN01769A

Stumpf, B. H., Nowakowski, P., Eggeling, C., Maciołek, A., & Smith, A.-S.
Protein induced lipid demixing in homogeneous membranes.
Physical Review Research, https://doi.org/10.1103/PhysRevResearch.3.L042013

Gizynski, K., Makuch, K., Paczesny, J., Zhang, Y., Maciołek, A., & Holyst, R.
Internal energy in compressible Poiseuille flow.
Physical Review E,  https://doi.org/10.1103/PhysRevE.104.055107

2022

Bielec, K., Kowalski, A., Bubak, G., Witkowska Nery, E., & Hołyst, R.
Ion Complexation Explains Orders of Magnitude Changes in the Equilibrium Constant of Biochemical Reactions in Buffers Crowded by Nonionic Compounds.
The Journal of Physical Chemistry Letters,  https://doi.org/10.1021/ACS.JPCLETT.1C03596

Araki, T., Gomez-Solano, J. R., & Maciołek, A. 
Relaxation to steady states of a binary liquid mixture around an optically heated colloid.
Physical Review E,  https://doi.org/10.1103/PhysRevE.105.014123

Khan, F., Jaoui, M., Rudziński, K., Kwapiszewska, K., Martinez-Romero, A., Gil-Casanova, D., Lewandowski, M., Kleindienst, T. E., Offenberg, J. H., Krug, J. D., Surratt, J. D., & Szmigielski, R.
Cytotoxicity and oxidative stress induced by atmospheric mono-nitrophenols in human lung cells.
Environmental Pollution,  https://doi.org/10.1016/J.ENVPOL.2022.119010

Żuk, P. J., Tużnik, B., Rymarz, T., Kwiatkowski, K., Dudyński, M., Galeazzo, F. C. C., & Krieger Filho, G. C.
OpenFOAM solver for thermal and chemical conversion in porous media.
Computer Physics Communications, https://doi.org/10.1016/J.CPC.2022.108407