Centrum Doskonałości Naukowej Dioscuri do badań nad fizyką i chemią bakterii

Zespół badawczy nr 15

Centrum Doskonałości Naukowej Dioscuri do badań nad fizyką i chemią bakterii

Kierownik zespołu

Dr Bartłomiej Wacław

Tematyka badawcza

Głównym celem działalności Centrum jest zrozumienie w jaki sposób patogeniczne bakterie rozmnażają się i ewoluują w ich naturalnym środowisku: we wnętrzu komórki zwierzęcej oraz w płynach ustrojowych. Pracownicy Centrum będą używać eksperymentalnych modeli in vitro infekcji bakteryjnych, symulacji komputerowych oraz obliczeń matematycznych w celu stworzenia ilościowych modeli wzrostu i ewolucji bakterii w tych środowiskach.

Członkowie

  • Dr Bartłomiej Wacław (Leader)
  • Dr Katarzyna Bartołd (Administrative Coordinator)
  • Joanna Materska (PhD student)
  • Klaudia Staśkiewicz (PhD student)
  • Patrycja Kuźma (Lab Manager)
  • Dr Elin Lilja (Postdoctoral Researcher)
  • Dr Pragyesh Dixit (Postdoctoral Researcher)
  • Dr Ilyas Djafer-Cherif (Postdoctoral Researcher)
  • Dr Karolina Drabik (Postdoctoral Researcher)
  • Dr Jarosław A. Pankowski (Postdoctoral Researcher)
  • Dr hab. Anna Ochab-Marcinek
  • Dr Łukasz Zinkiewicz
  • Dr Piotr Ciąćka
  • Dr Marek Kochańczyk

Badania

  1. Eksperymentalne modele infekcji bakteryjnych
  2. Nowe metody precyzyjnego pomiaru wzrostu bakterii w czasie rzeczywistym
  3. Struktura i dynamika wzrostu wewnątrzkomórkowych kolonii bakteryjnych (biofilmy „in vivo”)
  4. Dynamika populacyjna bakterii w płynach złożonych i układach o złożonej topologii
  5. Dynamika populacyjna bakterii wewnątrzkomórkowych podczas antybiotykoterapii
  6. Wzrost bakterii na powierzchniach mikroporowatych i o zmiennej geometrii

Publikacje

2024

M. Raatz A. de Azevedo-Lopes K. Drabik A. Traulsen B. Wacław , Pathogen non-planktonic phases within the urinary tract impact early infection and resistance evolution , ISME Journal , 2024, 18, 1, wrae191

Postek Witold; Staśkiewicz Klaudia; Lilja Elin; Wacław Bartłomiej , Substrate geometry affects population dynamics in a bacterial biofilm , PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA , 2024, 121, 17, e2315361121

Jimenez-Castellanos Juan-Carlos; Wacław Bartłomiej; Meynert Alison; McAteer Sean P.; Schneiders Thamarai , Rapid evolution of colistin resistance in a bioreactor model of infection of Klebsiella pneumoniae , COMMUNICATIONS BIOLOGY , 2024, 7, 1, 794

Szymczak Mateusz; Pankowski Jarosław A.; Kwiatek Agnieszka; Grygorcewicz Bartłomiej; Karczewska-Golec Joanna; Sadowska Kamila; Golec Piotr , An effective antibiofilm strategy based on bacteriophages armed with silver nanoparticles , SCIENTIFIC REPORTS , 2024, 14, 1, 9088

Giannakou M.; Wacław B. , Resonant noise amplification in a predator-prey model with quasi-discrete generations , SCIENTIFIC REPORTS , 2024, 14, 1, 16783

Blavatska Viktoria; Wacław Bartłomiej , Evolutionary adaptation is facilitated by the presence of lethal genotypes , PHYSICAL REVIEW RESEARCH , 2024, 6, 1, 13286

Blavatska Viktoria; Ilnytskyi Jaroslav; Laehderanta Erkki , Coagulation-flocculation process on a lattice: Monte Carlo simulations , JOURNAL OF PHYSICS A-MATHEMATICAL AND THEORETICAL , 2024, 57, 31, 315002

Haydukivska K.; Blavatska V. , Universal properties of branched copolymers in dilute solutions , CONDENSED MATTER PHYSICS , 2024, 27, 1, 13301

O. Pizio T. Patsahan V. Blavatska , Computer simulations of soft matter.On 60-th anniversary of Jaroslav Ilnytskyi , Condensed Matter Physics , 2024, 27,No.1,10101:1–5

2023

Hallatschek Oskar; Datta Sujit S.; Drescher Knut; Dunkel Joern; Elgeti Jens; Wacław Bartek; Wingreen Ned S.             

Proliferating active matter

NATURE REVIEWS PHYSICS 2023 5, 7, 407-419

Nalin Francesco; Tirelli Maria Celeste; Garstecki, Piotr; Postek Witold; Costantini Marco          

Tuna-step: tunable parallelized step emulsification for the generation of droplets with dynamic volume control to 3D print functionally graded porous materials

LAB ON A CHIP  2023 24, 1, 113-126

Haydukivska, Khristine; Blavatska, Viktoria; Paturej, Jarosław

The size and shape of snowflake-shaped polymers in dilute solution: Analytical and numerical approaches

JOURNAL OF MOLECULAR LIQUIDS  2023 392, 123430

Haydukivska K., Blavatska V., Paturaj Ja.

Molecular conformations of dumbbell-shaped polymers in good solvent

PHYSICAL REVIEW E  2023  108,  034502

Haydukivska, K.; Blavatska, V.   

On the swelling properties of pom-pom polymers: impact of backbone length

CONDENSED MATTER PHYSICS  2023  26, 2, -23301

Współpraca

  • Department of Evolutionary Theory, MPI Plön, Germany 
  • The University of Edinburgh
  • Harvard University
  • The University of York

Finansowanie

Dioscuri (2020-2025) (2) NAWA (2020-2024)